Son tres las sedes que acogen los Juegos Deportivos Nacionales Juveniles 2016: Azuay (Cuenca, Gualaceo y Paute), Guayas (Guayaquil) y Santa Elena (Salinas).
Guayas:En esta sede se realizan las competencias de Ciclismo de pista y ruta..
Azuay: En esta sede se realizan las competencias de Fútbol, Levantamiento de Pesas, Patinaje, Ajedrez, Escalada Deportiva, Gimnasia Artística, Gimnasia Rítmica, Atletismo Lucha, Karate, Natación, Clavados, Boxeo, Tenis de mesa, Voleibol, Ciclismo BMX, Judo, Baloncesto y Taekwondo.
Santa Elena: En esta sede se realizan las competencias de Triatlón y Aguas abiertas.