Son tres las sedes que acogen los Juegos Deportivos Nacionales Prejuveniles 2016: Azuay (Cuenca, Gualaceo y Paute), Guayas (Guayaquil) y Santa Elena (Salinas).
Azuay: En esta sede se realizan las competencias de Fútbol, Levantamiento de Pesas, Patinaje, Ajedrez, Escalada Deportiva, Gimnasia Artística, Gimnasia Rítmica, Atletismo Lucha, Karate, Natación, Clavados, Boxeo, Tenis de mesa, Voleibol, Ciclismo BMX, Judo, Baloncesto y Taekwondo.